Алхимия - наука о преобразовании материи из одной формы в другую. Ее основное правило - ты можешь получить что-нибудь, лишь отдав взамен нечто равноценное. Эдварду и Альфонсу Элрикам, сыновьям великого алхимика, было всего 11 и 10 лет, когда они решили, что знают об алхимии достаточно, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Но не зря на создание человека наложен запрет - братья потерпели неудачу и заплатили за свою ошибку страшную цену: Эдвард потерял ногу, а Альфонс был поглощен целиком. Лишь пожертвовав правой рукой, Эдвард сумел вернуть душу Альфонса и присоединить ее к старинному доспеху.

Заменив утраченные руку и ногу металлическими протезами, Эдвард вместе с братом покидает родной городок. Эдвард поступает на государственную службу, дабы получить доступ к обширным ресурсам военных. Отныне братья еще отчаянней стремятся раскрыть тайну человеческого преобразования - теперь уже ради того, чтобы вернуть друг другу прежние тела. Цель их поисков - легендарный философский камень, который позволяет обойти принцип равнозначного обмена. Однако вскоре братья выясняют, что не они одни ищут философский камень, и что они ввязались в серьёзную игру.

Прошёл год. Эдвард поступил на государственную службу, а за ним и Альфонс. Стало трудней искать камень, и всё чаще заявляли монстры, которые ненавидели алхимиков.